Существует несколько классификаций томатов. Наиболее полной классификацией рода Lycopersicon является классификация американского профессора Ч. Рика (C.M.Rick; 1915—2002), который описал 9 видов томатов:

Lycopersicon chilense
Lycopersicon chmielewskii
Lycopersicon cheesmanii
Lycopersicon esculentum
Lycopersicon hirsutum
Lycopersicon parviflorum
Lycopersicon pennellii
Lycopersicon peruvianum
Lycopersicon pimpinellifolium

В России принята традиционная классификация Брежнева. В ней томаты рассматриваются как представители рода Lycopersicon Tourn. В 1964 году Д. Д. Брежневым - советским растениеводом-селекционером в роде Lycopersicon было выделено три вида:

томат перуанский Lycopersicon peruvianum Brezh
томат волосистый Lycopersicon hirsutum Humb. et Benp
томат обыкновенный Lycopersicon esculentum Mill.

Современные ботаники, придерживающиеся филогенетического подхода, считают род Lycopersicon парафилетическим, на основании чего томаты приписывают к роду Паслён (Solanum). В связи с таким подходом одни и те же растения имеют синонимичные названия:

Томат обыкновенный Lycopersicon esculentum Solanum lycopersicum
Томат перуанский Lycopersicon peruvianum Solanum peruvianum
Томат смородинный Lycopersicon esculentum ssp. pimpinellifolium Solanum pimpinellifolium

На практике, садоводы продолжают пользоваться традиционными названиями, тогда как в строго ботанической литературе употребляется второй вариант.